新四军北撤路线的谈判和请示
根据中共中央指示，新四军从11月9日立即开始与第三战区协调北调路线。其目的有二：一是尽量取得国军的同意，另一则是尽量选择一个日军拦阻力量较少的路线。
国军起初给新四军指定的备选路线有三条：
第一条是经繁昌、铜陵地区渡江到无为的路线。这条路线是沟通皖南新四军军部和江北部队之间联系的交通线，1938年11月，新四军参谋长张云逸率军部特务营渡江至皖东就是走的这条路线。从新四军军部进驻皖南开始，军部通过这条路线向江北部队输送了许多干部和物资。叶挺军长于1939年5月到江北视察，走的也是这条路线。这条路线的优点是路程较短，群众基础较好，沿途所经地区为新四军第三支队和江北无为游击纵队的活动地区；缺点是需要经过五十余华里的敌占水网地带，还得穿越长江敌伪封锁线，不利于大部队的行动。
第二条路线是由云岭向东经马头镇、杨柳铺、孙家埠、毕家桥、郎溪至竹箦桥、水西地区（苏南指挥部所在地），再经苏南敌占区北渡长江。这条路线是皖南军部与苏南部队经常来往的一条路线。这条路线有利的方面是：路程也较短，沿途设有许多兵站，群众基础较好，同时苏南我军可以接应。不利的方面是，需要经过国军108师的防地，国民党方面只同意新四军非武装人员据此线北移，而不同意战斗部队沿此线北移。1940年12月初，皖南新四军后勤机关人员1700余人人即循此线辗转北移经苏南到苏北地区。
第三条是由军部驻地云岭南下茂林、三溪入旌德、宁国转广德、郎溪到溧阳渡江再到苏北的路线。这条路线大致上就是后来皖南新四军移动的路线。这条路线群众工作基础薄弱，路程也比较远，又是向国民党的后方和重兵扼守的方向行动，在政治上、军事上都很不利。但在国民党同意皖南新四军部队沿此路线北移以及国民党顽固派尚未完成对新四军进行“围歼”部署的情况下，只要新四军行动迅速、坚决，由此路线胜利北移是完全可能的。
皖南新四军最初计划走第一条和第三条路线，即同时东走苏南和往北走繁昌、铜陵两条路线转移。叶挺于11月上旬亲赴上饶国民党第三战区司令长官部洽商皖南新四军北移事宜。
据新四军政治部宣教部长钱俊瑞回忆说：“十一月九日（即发出佳电那一天），叶军长即从军司令部所在地之云岭，起程到上饶，谒见三战区顾司令长官，洽商一切有关北移的问题。”商定的新四军北移路线为：“由茂林、宁国、经苏南渡江北上。”（此路线即第三条路线。）
傅秋涛（新四军第一支队副司令员，1955年授上将军衔）回忆说，我军决定北移后，叶挺军长亲自奔走，向国民党第三战区司令长官顾祝同提出北移路线，并要求沿途国军不得拦阻。顾祝同同意我军经泾县、茂林、宁国、宣城、郎溪至苏南敌后北渡，并允于沿途保护。（该回忆同样说明，国军第三战区至少在11月份仍同意新四军沿第三条路线北移。）
项英的警卫战士郑德胜（1955年授中校军衔）回忆说：叶挺军长亲自与国民党当局谈判我军北移问题，“国民党要新四军由云岭出发，翻越丕岭，取道旌德、宁国经天目山进苏南，再过江到苏北。”“转移前，项英还派人到上饶找顾祝同要求增补武器弹药。“顾祝同说我以人格担保，从云岭到宁国没有一个日本兵”，待到宁国后，连同以前欠的武器弹药全部补齐。”（该回忆同样说明，国军第三战区至少在1940年11月份仍同意新四军沿第三条路线北移。同时国军还承诺了武器弹药的补充）
顾祝同虽然是战区长官，但和新四军毕竟隔了一级，所以，在新四军北移路线的具体执行上，1940年11月中旬，叶挺在宣城周王村会晤了直接领导，集团军总司令上官云相。
上官云相层次虽然低一些，但因为直接负责作战，反而比顾祝同要难缠。上官云相将新四军北移路线由苏南北渡改为由泾县往北开，然后在芜湖以西的荻港附近过江到无为，理由是这条线最近。但叶挺认为日军已严密封锁芜湖一带江面，大部队无法偷渡，为安全计，仍坚持由苏南北渡。上官云相表示，皖南新四军东开进入苏南，在镇江附近渡江也可以，但这仅限于非战斗部队，至于新四军之战斗部队，仍要从驻地往北开，进入沦陷区。在新四军北移路线问题上双方未能取得一致意见，但经过几次谈判，上官云相已基本掌握了新四军的移动方向。他认为“新四军北撤的可能较小，‘南窜’的可能较大”。其实，上官云相对新四军先南而东再在苏南渡江的路线是心知肚明的，这条路线是新四军屡次向上官云相和顾祝同明确提出的，但上官云相故意将这种移动路线称为“南窜”，并大造舆论，称“新四军北撤是假的，真的是要搞‘三山计划’，即‘南窜’黄山、天目山、四明山，作为根据地。”，一旦发生冲突，责任可以推到新四军头上。
进入12月，因苏北刘少奇进攻韩德勤，国军总部大为恼怒，同时为免新四军循第三条路线北渡苏北加强刘少奇部力量增添韩德勤部危险，遂否决第三条路线。
12月12日蒋中正明令江北的第21集团军李品仙部应配合新四军于12月底之前由皖南移江北之行动，李品仙当即遵令，具体部署为新四军军部北渡让路，电令向皖东开进的138师“对匪应暂行停止攻击并缩小正面”，“俟新四军态度明了再行处置”；应一面让“其北渡后再令移运河西岸，续开鲁北”，“一面宣传送新四军赴黄河北岸抗战”。李品仙还电令负责江边地带守备的第176师，对新四军北渡开赴河北作战一事，“仰各团政工人员会同当地党部切实宣传毋使潜滋”。
1940年12月28日，项英主持召开了新四军军分会扩大会议，决定皖南新四军绕道茂林、三溪、宁国、再迂回天目山到溧阳，然后待机北渡。会后，项英将这一行动方案电告中央。
在尚未收到项英电报的时候，1940年12月30日，毛泽东、朱德致电叶挺、项英：“据恩来称：‘江南部队分地渡江有危险，皖北让路，蒋虽口头答应，但让出巢、无、和、含四县恐不易，李品仙已在布置袭击我的阴谋，仍以分批走苏南为好’等语。我们同意恩来意见，分批走苏南为好。”
1941年1月1日，项英致电中共中央，报告皖南新四军北移方案。
1月3日，中共中央在收到项英的电报后，当即由毛泽东起草复项英电：“你们全部坚决开苏南，并立即出动，是完全正确的。”
以上电文，证明新四军最终违反国军命令仍按已被否决的第三条路线行军，是得到中共中央批准的，非叶、项擅自决定。